Для Ильина характерен особый религиозно-философский взгляд на мир, определивший основные идеи его учения. Истина, добро и красота как предмет философии имеют божественную природу и сверхчувственный характер. Ильин определяет философию как «душевно-духовное делание», предметом которого является духовный смысл любого явления; формулирует тезис об особой ответственности философа. В основе философии лежит систематическая  практика духовного и нравственного опыта.
Ильин отделял понимание духа от понятия души. Дух — особое состояние души, когда она сознательно устремляется к высшему благу. Путь духовного обновления опирается на постижение сущности человеческого бытия, что предполагает определение ценностных ориентиров в вопросе о смысле жизни. Ильин не считает саму жизнь смыслом и абсолютной ценностью бытия человека, он ищет смысл жизни в ценностях, стоящих выше жизни. Он пытается найти смысл жизни каждой отдельной личности в ней самой и в то же время в особом, сверхличностном и сверхжизненном начале. Выход Ильин находит в постулате христианской антропологии — каждый человек значим в системе ценностей как носитель духовного, божеств, начала. Духовно-нравственный опыт требует полной отдачи, всего человека со всеми его действиями и страстями; человек должен сосредоточиться на предмете своего духовного опыта, вжиться в него.
Роль философии в деле духовного и культурного обновления, по Ильину, велика, дело философа — расчистить этот путь нравственного совершенствования, облегчить человеку постижение очевидности. Учение об очевидности — центр, пункт воззрений Ильина. Он понимает под очевидностью особую творческую способность быть настолько захваченным истиной, что в ней растворяется вся душа исследователя. Одним из важнейших свойств очевидности оказывается ее предметность.
Существенное, место в теории Ильина занимает учение о правосознании и естественном праве. Под естественным правом он понимает право, соответствующее «естеству» человека как духовно-культурного существа, правовые нормы, предписывающие человеку такое поведение, которое голос совести одобряет как нравственное и справедливое. Для Ильина существеннейшим и главным правом любого человека является человеческое достоинство. Справедливое право, по Ильину, должно быть в состоянии разрешить противоречия между естественным неравенством и духовным равенством людей. По своим реальным свойствам, по своему индивидуальному бытию люди различны, но они равны как разумные существа, поэтому каждый человек, как бы ни был он ограничен в своих возможностях, имеет безусловное духовное достоинство. Поэтому справедливой будет ориентация именно на духовное равенство людей.
Если под естественным правом философ понимает правовые нормы, проистекающие из духовно-нравственной сущности человека и соответствующие ей, т.е. право должное, то положительное право — это право сущее, реальное, правовые нормы, установленные правовой властью и подлежащие применению. Залог осуществления единства этих двух сторон права философ видит в зрелом и развитом правосознании людей.
Другая тема Ильина — проблема сущности и происхождения зла, обоснование необходимости борьбы со злом и детальная разработка методов этой борьбы. Ильин полагает, зло начинается там, где начинается человек, и притом именно не человеческое тело во всех его состояниях и проявлениях как таковых, а человеческий душевно-духовный мир. Любой внешний поступок может быть только проявлением, обнаружением внутреннего добра или зла. Добро и зло Ильин определяет через наличность или отсутствие двух сочетающихся признаков — любви и одухотворения; добро он понимает как «одухотворенную любовь», а зло как «противодуховную вражду». Добро раскрывается им при помощи понятий любви, духовности, совершенства. Поскольку для Ильина объективное совершенство — Бог, человек духовен лишь тогда, когда он добровольно и активно стремится к Богу, и при этом подходит к жизни с меркой божественности: истинности, красоты, правоты. Он определяет добро как свободную, осознанную, одухотворенную и любовную направленность человека к Богу, «живое тождество». Зло есть антипод добра и заключается в отвращенности от Божественного.
Гл. вывод учения Ильина о зле — провозглашенная им необходимость и моральная обязанность борьбы со злом, причем не столько со злом в его внешних проявлениях, сколько со злой волей, укоренившейся в человеческих душах. Для него не подлежит сомнению, что отказ от сопротивления злу означает приятие зла, человек, не сопротивляющийся злу, воздерживается и от порицания его.